決定木のRパッケージについて

教科書

決定木のアルゴリズムはこれらが代表的です。

• CART（かーと、classification and regression tree、ほとんどこれ）
• ID3→C4.5→C5.0（ID3からバージョンアップ）
• J4.8

Rのどのパッケージで何が出来るかを紹介します。

• partykit
  • https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=261　、可視化に便利（グラフが綺麗）
• mvpart
  • rpartに拡張機能を追加
• rpart
  • 『Classification and Regression Trees』に説明されているアルゴリズム
  • CART、Gini係数がデフォルト
• party
  • 条件推測木（conditional inference tree、前のノードで条件付けてる？）
  • 結果変数による説明変数の有意性検定を行い、多重調整したP値が有意水準を下回ると分岐する
  • 枝が少なめになりやすい。
• randomForest
  • CARTでのバッギングアンサンブル
• C5.0
  • https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=1022 （winインストールできなかった）
  • 木が作られたあとに決定ルールが単純化される
  • 単純化されたルールは木の形にならない場合もある
  • wiki：http://ja.wikipedia.org/wiki/C4.5
  • C5.0ソフト：http://www.rulequest.com/see5-info.html
• CAHID
  • https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=343
  • 枝を複数に分けれる
  • Both response and all covariates are assumed to be categorical（説明変数も結果変数も全てカテゴリにする必要がある、計算時間が長い）
• RWeka
  • J4.8、M5’、LMT
• knnTree
  • k近傍木
• LogicReg
  • 論理回帰
• BayesTree
  • ベイズ木
• TWIX
  • extra tree、Response must be a factor!!（結果変数は因子のみ）
• Cubist
  • cubist
• randomSurvivalForest
  • 生存時間ランダムフォレスト
• gbm
  • 一般化ブースティング木
• mboost
  • モデル勾配ブースティング、勾配ブースティング木（blackboosting、回帰ラインの解釈が難しいのでブラックボックスのblackを付けている）

それぞれのパッケージの実行例です。

library(mboost)	# bodyfatデータ用

#------rpart
library(rpart)
bodyfat_rpart <- rpart(DEXfat ~ age + waistcirc + hipcirc + elbowbreadth + 
kneebreadth, data = bodyfat, control = rpart.control(minsplit = 10))
#---普通のプロット
plot(bodyfat_rpart)
text(bodyfat_rpart, use.n=T)

#---partykitのプロット
library(partykit)
plot(as.party(bodyfat_rpart), tp_args = list(id = FALSE))	#tp_argsでnode idの表示

#------ランダムフォレスト、caretで並列計算
（vignettも良い　http://cran.r-project.org/web/packages/caret/index.html）
library(randomForest)
bodyfat_rf <-randomForest(DEXfat ~ age + waistcirc + hipcirc + elbowbreadth + 
kneebreadth, data = bodyfat, importance=TRUE)
varImpPlot(bodyfat_rf)

#------mvpart
library(mvpart)


#------partyの条件付き分割
bodyfat_ctree <- ctree(DEXfat ~ age + waistcirc + hipcirc + elbowbreadth + kneebreadth, data = bodyfat)
plot(bodyfat_ctree)


#------mboost
bodyfat.gb <- blackboost(DEXfat ~ age + waistcirc + hipcirc + elbowbreadth + 
kneebreadth, data = bodyfat, control = boost_control(mstop = 50))
plot(bodyfat.gb)


#------CHAID（結構時間がかかる、699obs 11varで30秒程度、カイD）
library(CHAID)
library(mlbench)
data("BreastCancer", package = "mlbench")
b_chaid <- chaid(Class ~ Cl.thickness + Cell.size + Cell.shape + Marg.adhesion + 
Epith.c.size + Bare.nuclei + Bl.cromatin + Normal.nucleoli + Mitoses, data = 
BreastCancer)
plot(b_chaid)


#------TWIX
library(TWIX)
TM <- TWIX(Class ~ Cl.thickness + Cell.size + Cell.shape + Marg.adhesion + 
Epith.c.size + Bare.nuclei + Bl.cromatin + Normal.nucleoli + Mitoses, data = 
BreastCancer, topN=c(9,9), method="local")
plot(TM)