小技メモ（家系図、連鎖解析など）

参考サイト

http://d.hatena.ne.jp/ryamada22/20110420/1303190461

http://www-btls.jst.go.jp/cgi-bin/Tools/Link/link.cgi?category=2000

• Rで家系図を描く

library("kinship")
test1 <- data.frame(id  =c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14), mom =c(0, 0, 0, 0, 2, 2, 4, 4, 6,  2,  0,  0, 12, 13), dad =c(0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 3, 3,  7,  0,  0, 11, 10),sex =c(0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0,  0,  0,  1,  1,  1))
affected<-sample(c(0,1),length(test1$sex),replace=TRUE)
ptemp<-pedigree(id=test1$id,dadid=test1$dad,momid=test1$mom,sex=test1$sex,affected=affected)
plot(ptemp)
test1

• 連鎖解析系のパッケージ
  • genetics
  • snpMatrix
  • SNPHWE
  • MasterBayes